cellina.Cellina
===============

.. currentmodule:: cellina

.. add toctree option to make autodoc generate the pages

.. autoclass:: Cellina







Methods table
~~~~~~~~~~~~~

.. autosummary::

    ~cellina.Cellina.get_counterfactual_expression
    ~cellina.Cellina.get_counterfactual_latents
    ~cellina.Cellina.get_latent_representation
    ~cellina.Cellina.get_marginal_ll
    ~cellina.Cellina.get_normalized_expression
    ~cellina.Cellina.get_perturbed_expression
    ~cellina.Cellina.get_perturbed_latents
    ~cellina.Cellina.setup_anndata
    ~cellina.Cellina.train









Methods
~~~~~~~



get_counterfactual_expression
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_counterfactual_expression

get_counterfactual_latents
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_counterfactual_latents

get_latent_representation
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_latent_representation

get_marginal_ll
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_marginal_ll

get_normalized_expression
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_normalized_expression

get_perturbed_expression
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_perturbed_expression

get_perturbed_latents
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.get_perturbed_latents

setup_anndata
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.setup_anndata

train
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

.. automethod:: Cellina.train